Die 12'000er Limit gilt 'nur' für GPX Dateien. Also zum Beispiel, wenn du direkt PQ's auf dein GPS lädst. Wenn du GGZ Dateien verwendest, die du zum Beispiel mit GSAK erstellen kannst, hast du ein dokumentiertes Limit von 4'000'000 Caches, was ich aber nicht getestet habe ;-).
Ein weiterer Vorteil von GGZ Dateien ist, dass diese beim Aufstarten des GPS schneller geladen werden als GPX Dateien.